Seminár Ústavu informatiky

Prednáška

O mechanizmoch formujúcich bakteriálny genóm - štatistická linguistika v genetike

doc. RNDr. Peter Pristaš, CSc.
Ústav fyziológie hospodárskych zvierat SAV, Slovenská akadémia vied

9. decembra 2015 (streda) o 13:00
SA1C03 (P/03), PF UPJŠ

Abstrakt

Rýchly rozvoj genomiky (schopnosti čítať sekvencie DNA) v posledných rokoch pravdepodobne najvýznamnejšie ovplyvnil mikrobiologické vedy. Genomika baktérií nám umožnila porozumieť interakciám medzi baktériami a hostiteľom, vyvíjať nové antibakteriálne látky a pod. Aj keď naša schopnosť čítať sekvencie DNA sa stále zlepšuje, nerozumieme reči DNA úplne. Genóm aj tej najjednoduchšej baktérie totiž pozostáva z najmenej milióna nukleotidov (písmen) a analýza genómu - teda porozumenie reči DNA tak vyžaduje multidisciplinárny prístup s využitím genetiky, bioinformatiky a prekvapujúco aj linguistiky. Porovnávanie genómov baktérií navyše ukázalo, že bakteriálny genóm je dynamická entita formovaná početnými vplyvmi. Vo svojej prednáške sa budem venovať analýze oligonukleotidového zloženia (frekvencie slov) v genóme enterokokov, klinicky významnej skupiny baktérií. Oboznámime sa so štatistickými a bioinformatickými prístupmi používanými pri štúdiu reči DNA, poukážem na niektoré zvláštnosti dialektu (frekvencie slov), na možné mechanizmy zodpovedné za formovanie genómu u týchto organizmov a na benefity prepojenia genetiky a (bio)informatiky.